Похоже, что у меня такая же ситуация, но при включенной галочке Locked.
Компонент в приложении. Если выкинуть на лист схемы два или более компонентов, команда Annotate меняет местами парты между этими компонетами.
Уже не знаю, что делать. Пришлось перелопачивать огромную схему и вручную все проставлять.