Как-то в одном проекте была проблема с кварцем - что-то глючило, но непонятно.
Было подозрение на неверную частоту кварца. Но грубые измерения (осциллограф) показывали
полный порядок.
Взял GPS-приёмник у которого есть выход 1Гц импульсов, завёл на прерывание GPIO.
Померил точно им частоту, нашёл величину ошибки (стабильная величина) и почти сразу-же
понял что она == 1/64000. А 64000 - это было значение делителя частоты кварца.
Т.е. - при записи делителя в регистр таймера забыл из него вычесть 1.