Я смутно помню, что из Ниос можно работать с файлами хоста напрямую через тот же JTAG-UART.
Или через что-то ещё более системное, через что прога грузится и идёт отладка, только в настройках BSP где-то следует включить HostFS.
Судя по молчанию ТС, проблему он давно решил, но я бы лично СОМ-порты и пр. самопись исключил бы.
Ниос принял данные через fopen()/fread() -- поклал в ОЗУ, толкнул обработку, в обратную сторону не трудней, только постоянный бластер требуется для связи, ну и как при любом другом соединении. Только скорость не ахти, хотя с последним разогнанным в 4 раза бластером вдруг и ахти уже ?