В моём случае используется eMMC-память шина работает в режиме 8х, но отличия, как понимаю, должны бать небольшие. Согласно даташиту на мою eMMC (думаю в Вашем случае должно быть что-то аналогичное):
Цитата
The host is allowed to shut down the clock of a “busy” card. The card will complete the programming operation regardless of the host clock.
Получаем, контроллер памяти (карты) должен иметь своё внутреннее тактирование, сигнал CLK для SD-карты - всего лишь тактирование интерфейса.
При инициализации карты определяется скорость, которую "потянет" карта, и исходя из этого настраиваем частоту тактирования интерфейса.