А ну тогда все понятно.
download.bit - это то что вам нужно, должны быть какие-то средства записи его во флешку ПЛИС. Самый простой способ проверить это взять вашу боевую программу, а дальше поправить линкер скрипт, чтобы никакие секции не попадали во внешний DDR. После этого можно будет сделать download и для основной прошивки. Если с этим все будет ок, то надо двигаться дальше.
Задача загрузчика не тривиальна, есть такие документы и ссылки
http://www.xilinx.com/support/answers/43615.htmlа также XAPP1140 и XAPP1146,
Возможно их надо адаптировать к вивадо, но принцип общий...