Идеи такие:
- вы уверены, что вывод осуществляется в LVDS0 только а не в оба - LVDS0 и 1? если в оба - будет каша. И где передаются синхросигналы HSync, Vsync, DE?
- временнные диаграммы (разрешение HxV и соотношение сигналов синхронизации, частота кадров) должны совпадать, иначе могут быть проблемы
- и главное - совет! ищем на выжающей плате в образе или исходниках место где устанавливаются парамтеры развёртки, находим DS на целевой монитор (панель), сравниваем устанавливаемые параметры и параметры на панельку - несовпадающее корректируем
"всё, что могу"
перечитал сообщение ТС и понял - совет не поможет