у меня скомпиленный проект хоть через год открывается скомпиленным. Только не в желтых теругольниках, а в зеленых галочках, к этому стоит стремиться

. Может у вас какой антивирус или контроль версий файлики шебуршит?
Так же после того как я проект из платформ студии экспортнул в сдк, то до смены конфигурации железа больше пересборов нет. Правлю програмку, компилирую, заливаю тестирую, потом делаю прошивку из SDK есть опция сделать bit файл через меню, программ флэш или програм FPGA, и все, конечно заново пересобирать проц не надо.
Так же если очень хочется делать через одно место и собирать финал в ISE, там тоже была где то опция чтобы менять только elf файл, но где не помню, мне не надо было я и не разбирался...