Я бы еще посоветовал сделать примерно вот так:
На картинке сигнал pll_locked подключается ко входу fpga_reset, вход in1 reset controller'a, а на in0 подключить сброс формируемый watchdog'ом. В такой конфигурации Nios сбросится 1) при старте, 2) в случае зависания программы