По поводу 1) - ситуация вполне нормальная. Драйвера потребляют практически фиксированный ток, а пики потребления во время переключения выходов и на перезарядку емкостей на нагрузках обычно сглаживаются блокировочными конденсаторами. Да и обычными средствами зарегистрировать эти пики весьма сложно - фронты у Cyclone очень крутые, а значит токовый "всплеск" будет очень коротким. Рост потребления по IO питанию можно сделать нагрузив часть выводов просто на емкостные нагрузки

По поводу 2) - ничего определенного сказать не могу

Странно :-\ Одно можно сказать с уверенностью - это не статика. После статики устройство не оживает, т.к. происходит невосстановимый пробой структур в кристалле.
По поводу 3) - cчетчик может сбоить если на клоке есть некоторая "борода". "Борода" на клоке является следствием несогласованности волновых сопротивлений линии клока и драйвера. Распространенное мнение, что низкочастотные клоки согласовывать не надо - ошибочно. ADSP может генерить весьма крутые фронты сигналов на своих выходах, а Cyclone вполне в состоянии по быстродействию трактовать это как двойной импульс.
Если используете TQFP корпус, то возможно столкнулись с ground bounce - весьма неприятная штука - возникает как следствие плохой разводки шин питания на двухслойных платах. Обычно проявляется как double clocking при переходе всей или большей части шины данных из одного состояния в другое. Например, из всех нулей во все единицы.