Всё-таки надо все факты заново собрать и изложить рядом. Скентоваться с обладателем такого же кита, проводить синхронные мероприятия...
Не только же в quartus_hps она не работает, а вообще напрочь в данный момент ? Противоречиво всё выше.
Или где-то можно прочитать-записать хотя бы, закомментив чтение ID ? Меня интересует восстановление первых 256 К, которые пострадали, от неконтролируемого исполнения Прелоадера, из которого портится всё остальное.
Можно как-то испортить первые байты каждого из 4х кусков, выпросить у народа более нормальное содержимое (мусор тоже должен сгодиться -- он не исполнится), вдруг и Arrow его даёт вместе с инструкциями... Или это некритичное и нестолбовое направление, мы там как ёжики в тумане ?
Бывают же случаи, когда Прелоадер стартует классический, не самодельный, где раньше определялось ? Там в первой строке его дата компиляции есть как минимум. Или вдруг самодельный копируется из выходного каталога в любой компилируемый проект, да всё поганит каждый раз ? И надо как вируса его выгресть

Вообще, чтение ID -- это базовая операция всего стандарта, просто так она отпасть не должна.
В Альтерных примерах есть ещё что-то про связь двух SPI, но это я не пробовал.