Спасибо prig, глянул внимательно в документацию.
SPARTAN 6 описывает два варианта (однако заявленно, что электрически они идентичны) - LVDS_25 и LVDS_33, с питанием банка от 2.5В и 3.3В соответственно. Так вот, в обоих случаях, описан только один параметер (как я понимаю это железный стандарт LVDS) - 350мВ разница напряжений на диф. входах.
В то же время в даташте АЦП красивенько описали три параметра: differential напряжение 350мВ, common mode 1.25В и термальное сопротивление 100 Ом.
Все четко, осталось только удостоверится что lvds common mode в FPGA будет соответствовать