Цитата(RKS @ Feb 13 2015, 09:59)

Я правильно понимаю - вы подаете меандр с генератора через керамический конденсатор? Вы такое решение опытным путем получили или где то подглядели?
Да, через конденсатор. Решение плавно перетекло с предыдущего устройства на ATmega8, там оно нужно было для согласования 3.3-вольтового выхода генератора с входом меги. Его можно подглядеть в документации на синтезаторы LMX1601 и более поздние.
Цитата(RKS @ Feb 13 2015, 09:59)

Я хочу понять каким конкретно узлам процессора мешает безотмывный флюс и возможно ли победить это конструктивным способом.
Интересный подход - вы пытаетесь понять методом тыка? В даташите на ваш процессор есть все требования к сигналу внешнего тактирования - допустимый размах, постоянная составляющая, допуски на длительности и фронты. Что вам мешает ткнуть осциллограф на соответствующую ногу процессора и сравнить параметры вашего сигнала с допустимыми? Если ваш сигнал укладывается в требования - трясите программиста. Хотя что там можно неправильно настроить я слабо себе представляю.
Цитата(RKS @ Feb 13 2015, 09:59)

Безотмывный флюс плавится только от фена или стирается ацетоном.
Что ж за кака должен быть этот ваш флюс, чтобы безнадежно испортить сигнал с двухтактного (push-pull) выходного каскада триггера?
Показывайте картинку с осциллографа, чудес не бывает.
Тут вот еще подумал - может у вас триггер дает сигнал с очень крутыми фронтами, которые вызывают "звон" и этот звон процессор воспринимает как лишние такты? На эту мысль косвенно наталкивает упоминание об оживании при касании щупом осциллографа. В этом случае стоит включить в разрыв дорожки перед процессором небольшой резистор (номинал 22 Ома с потолка).