Также сталкивался с этой проблемой с STM32F205, суть ее выяснилась после прочтения (удивительное дело!) даташита:
Цитата
To avoid exceeding the maximum value of CL1 and CL2 (15 pF) it is strongly recommended
to use a resonator with a load capacitance CL ≤ 7 pF. Never use a resonator with a load
capacitance of 12.5 pF
Так оно и вышло, 12 пФ кварц попал в схему сугубо по инерции мышления.