Добрый день.
При генерации контроллера памяти (MCB) в подкаталоге создается ..ip_core\lddr_unit\user_design\par\lddr_unit.ucf (в моем проекте подключение lpddr к spartan6).
В этом файле все, что нужно для подключения памяти к кристаллу.
Для примера файл lpddr_unit.ucf (ucf не пропускал загрузчик???)
Потом его содержимое перенес в основной ucf.