чаще всего всё же виновата программа, например позабытый в таблице векторов прерываний rjmp с последующим включением этого прерывания.
иногда ещё неотключенный вотчдог.
иногда несоблюдение режима работы камня, типа заставляют работать на 20 МГц при питании 3.3В.
иногда паразитное питание от другой части схемы (питание с которой Вы не отключаете).
короче говоря - включайте фантазию, не забывая про даташит