UPD:
или же, если допускается работа напильником и/или очень хочется sw-based IRQ обработку (нужное подчеркнуть) - нужно ставить
IRQ Bridge, а потом руками расшивать прерывания в Qsys, и во время генерации всего Nios2 добра согласно Qsys-расшивке патчить
system.h (заменять
-1 на нужные цифры).
В общем вот такие рецеБты...
(Открыть что ли кейс на альтере

потому как вроде бы как баг получается, прерывания Шрёдингера - прерывания вроде есть но их нет...)