действительно, в дма должен быть выставлен peripherial flow control, burst mode по 4 слова, а так же, что не маловажно, чтобы работал стандартрный HAL драйвер нужно включить прерывание так же от SDIO и установить прерывание от него выше, чем от dma.
Вроде бы проблема решена. Хоть и не понятно, почему работает именно при таких настройках и только при таких.
Эскизы прикрепленных изображений