Если некритично по скорости - лучше SPI или SPI-подобный протокол - с проводами возни меньше. Можно полубайтами обмениваться - больше проводов, но программная реализация чуть проще и быстрее обмен будет. Насчёт ОС - как под DOS так и под Linux - это почти одинаково легко - не надо никакого драйвера писать - обычное пользовательское приложение - выбор тут определяется ресурсами машины - если они очень скромные - то лучше под доску это делать.