1) Возможно, на новых "матерях" PCI 66 МГц, а не 33 Мгц. Проверьте осциллом.
2) Самое вероятное - неправильно заданы (или совсем не заданы) констрейны, или не выдержана длина PCI CLK на плате, это важный момент (длина линии клока на периферийной плате 2.5 дюйма, и она должна быть длиннее всех линий AD), посмотрите спецификацию PCI. На новых платах могут оказаться более сильные буфера на PCI, соответственно, требования к плате выше и т. п.
3) Некоторые новые "матери" вообще не имеют слотов PCI, убедитесь, что он есть, перед тем как втыкать плату.
4) Некоторые новые "матери" начинают очень рано опрашивать PCI устройства, поэтому нужно быть уверенным, что FPGA успевает прогрузить битстрим и подняться до того, как мат. плата снимает RESET# и начинает конфиг-циклы.
"... часами я мог наблюдать, как люди работают." (М. Горький)