Продолжаем.
Протестировано ATxmega128A4U. Все работает, как и должно. В AtmelStudio после переключания TOSCSEL на ALTERNATE перестает работать RTC.
На другой плате с ATxmega128A3U вне зависимости от установленного TOSCSEL работает только, если внешний clock подключен на PE7.
Похоже на проблему именно у A3U. В Errata ничего по этому поводу нет.
Попробую на AVRfreaks написать, но с моим английским... Google на нем и то лучше говорит.