Вы просто немного запутались, или что...
Граница платы это та, которая внешняя. Любые внутренние отверстия, фрезировки, можно сказать, не совсем относятся к границе платы.
Если вы хотите внутреннюю сложную структуру - делайте ее фрезеровкой или другим каким способом.
Т.е. contour (там вроде, даже свойство есть, board, не помню правда что оно делает....) или cavity.
А при выводе герберов, при задании свойств платы, можете просто добавить в свойства cavity и contour.
А вообще, это выводится в файле фрезеровки скорее.

Верхнее - contour с заданным диаметром фрезы(?) на все слои.
Нижнее - то самое cavity, с верхнего слоя по нижний, без металлизации.