Я вообще эти ненужные интерфейсы нафиг отключаю, т.к. только через bootloader прошиваю:
Код
// turn off SWJ/JTAG
AFIO_MAPR = AFIO_MAPR_SWJ_CFG_JTAG_OFF_SW_OFF;
Часть ног тоже задействую (не хватало на 100-ногом, а на 144-ногий переходить было уже не вариант).