На самом деле вопрос тот еще. С системной точки зрения один клок - безусловно проще и меньше рисков на "функциональном" уровне. Дальше же начинаются всякие "но".
Если проект большой и сложный, то единый клок (да еще большей частоты, чем минимально необходим) гуляющий по всему кристаллу может стать проблемой в плане производительности. Недаром в современных кристаллах стали появляться клоковые цепи не только глобальные, но и разделенные по регионам. Так что если какие-то части проекта можно уложить в отдельный регион кристалла и использовать региональный клок - это плюс. Понятное дело, что если кристалл простенький только с общими глобальными клоками, то выбор намного упрощается

В общем стоит смотреть по используемому кристаллу и нагрузке как по ресурсам, так и по требуемой частоте.