Цитата
Сделайте в fpga регистр, в который будет заноситься сигнатура типа 0xaa55 при конфигурации и проверяйте её прямым чтением (inw (address)). А лучше написать свой драйвер и проверять готовность через ioctl, так правильней из userspace
А в чём разница?

Это будет тоже самое обращение к периферии, которое также вероятно приведёт к зависанию линуха.
Почитайте про такой модуль как FPGA manager и про работу с ним. Он входит в состав HPS и отвечает за конфигурирование FPGA из под проца и мониторинг состояния FPGA. В hwlib для него написан драйвер, из под линуха тоже должно быть что-то. А заоодно почитайте вот эту
тему. В ней вы узнаете о ещё одной проблеме, которая может возникнуть, когда FPGA грузится позже проца.