Цитата
Потому что можно загрузить какую попало конфигурацию ПЛИС, биты режима покажут User mode, что говорит о успешной загрузке конфигурации, а при чтении-записи области без периферийных, устройств ядро так же упадёт.
Ну так не надо какую попало. Туда загружется то, что туда загружают. Особых сбоев тут быть не должно. Но если этот момент принципиален, могу предложить два пути решения: а) копать в линухе, потому что зависания ненормальны, в bare metal, если fpga не загружена, то просто с регистров 0 читаются; б) попробовать как вариант поиграться с h2f_gp (general purpose signals, включаются в hps компоненте qsys), может быть получится передавать сигнатуру через этот интерфейс.