Проблема остается.
До того как попробовал перезаписать флэш, все работало как часы ( по включению питания грузиласть заводская флэш-конфигурация, по usb-jtag напрямую грузил плис). Как только презаписал флэш, все умерло.
Перемычки все в порядке (master serial).
Теперь даже напрямую конфигурация заливается в плис, загорается done, но работать не хочет.
А через флэш вообще молчит, done не загорается.
Подозрения на стартовый тактовый сигнал - что-то с ним не то.
P/S/ Плиса сильно греется , когда пытается загрузиться с флэш.