ох....
я чего-то не понимаю. Я взял bit файл, сделал из него mcs файл, и вижу в нем тупо этот файл без заголовка...
в конце бит файла 00053390: 0x20 0x00 0x20 0x00
в mcs
:020000040005F5 - то есть задать адрес на 50000
и в конце
:0433900020002000F9
то есть по даресу 3390 записать 20 00 20 00, в итоге с начальным смещением, полный адрес 53390 и по этому адресу 20 00 20 00
Вот и логичный вопрос, о чем вы говорите

?
Может вы делаете не обычный MCS файл, а еще с какими то данными или несколькими ревизиями или для какой-то хитрой флешки которая требует чего-то еще...