Теряются данные при считывании по UART, STM32F103RD Опции

[Atlantis-]

Здравствуйте!
Столкнулся с проблемой потери данных и не понимаю откуда ноги растут.
Суть такая: по таймеру с частотой 500 Гц я опрашиваю датчики. На одной шине UART расположены два датчика. То есть я отправляю команду, считываю данные (по DMA) с одного датчика, переключаю на другой датчик - считываю данные с него. Раньше у меня была передача по USB и я в прерывании, каждую 1 мс проверял, есть ли данные от датчиков, копировал в отдельный массив и передавал.
Сейчас мне надо перейти на UART и тот же самый алгоритм почему то дает непонятный сбой. Каждую 1 мс по UART присылаю команду "передать данные", в прерывании проверяю есть ли данные, перекопирую их в массив, в начало массива добавляю счетчик и кол-во данных. После запуска через несколько секунд возникает сбой - байт "кол-во данных" пропадает.

[Atlantis-]

Сделал на стороне STM32 постоянный массив, который считываю каждые 1 мс - все равно через некоторое время байт пропадает. Получается ошибка происходит в момент передачи по USB. Посмотрел - там какие то диковинные процессы происходят. У меня там два массива и бит, который их переключает. Алгоритм такой: каждые 1 мс инвертирую этот бит и посылаю запрос данных. если бит =1, то из UART данные приходят в массив 1, а в USB передаются данные из массива 2, если бит =0, то наоборот.
По UART всегда передается 19 байт за 1 мс. Я поставил точку остановки в момент передачи по USB - в обоих массивах как то оказалось больше 19 байт. Не понимаю, как это вообще возможно. Вроде бы все просто: пока один буфер заполняется, другой вычитывается, потом наоборот, как они могут переполниться?