Здравствуйте. Я бы посоветовал Autodesk CFD. Он прекрасно интегрируется со многими программами построения 3D - моделей (в частности, Solidworks). Есть пример, как работать с электроникой.
Вот ссылка. Также этой программы есть довольно живой форум и там можно найти многие вопросы по моделированию тепловых процессов в электронике. Можно установить студенческую версию или Trial.