Сейчас я вам выдам шутку юмора.
В командной строке выполняю команду
drcupdate.
В созданном мною футпринте, в котором была ошибка overlap pin, ошибка пропадает.
В футпринте, выцепленном из платы примера, после команды
drcupdate появляется ошибка overlap pin.
PS: Присвоение net_short пинам на плате сработало как и хотелось. Ещё раз Спасибо.