Меня интересует как корректно делать вызов системных команд из .c Буду делать через system(); В чем издевательство? Вопрос больше по правильности подхода- как это делать в ядре.
Раз вы включаете файл через "<>", он ищется не в папках исходников, а в соответствующей папке инструментария. Тем более, что это файл стандартной библиотеки