Вот скрин с установками:
Не все проверял, но пара ограничений точно имеется - во-первых подключается только полностью, никаких термалов сделать не получится, что как бы и логично - пин-то не для пайки, а во-вторых пин не может быть механическим, у него обязан быть номер, только тогда подключает. При определении пина механическим в футпринте подключить никак не удастся, разве что наложить на него static shape, но это как-то уже совсем не элегантно...
Да, с зазорами шейпов ошибся - раздел СМ называется Spacing:
На скриншоте место где констрейны созданы, а в разделе
Net их можно назначить цепям/классам: