Цитата(def_rain @ Jun 22 2016, 16:22)

А не подскажите есть ли какие то проблемы совместимостей проектов между CIS и Capture?
Никаких, CIS - это просто дополнительные "удобства" во время работы в Capture, сами файлы .dsn остаются точно такими же.
Не важно откуда Вы взяли компонент, из одной из библиотек обычным образом или при посредничестве CIS, этот компонент первым делом помещается в собственную библиотеку проекта (называется Design Cache) и с этого момента для Capture есть только этот компонент в Design Cache, до всего остального ей дела нет.
Проект получается независим от библиотек потому что "всё своё носит с собой".
Russia est omnis divisa in partes octo.