В общем поразбирался с утилитками из комплекта АРМ.
Моя прога выполняет полностью функции arm-elf-objcopy.ехе.
Т.е.
Код
arm-elf-objcopy.exe -O binary -j .text 1.elf Sec.bin
Ну возможно с не большими извращениями в названиях файлов.
Как эти бинарники слинковать, я так и не понял.
Попытался запустить arm-elf-objdump, натравить на секцию - выдает неизвестный формат.
По эльфу - все окей.