Чтобы не быть голословным - скрин с SW2016. Именно в этой ориентации, когда модель вытягивается по оси Z, Альтиум правильно ее ориентирует без лишних манипуляций, принимая Z за Y. Поверхность платы - это Z=0 или чуть выше, если надо учесть толщину маски, шелкографии (создаем вспомогательную плоскость относительно плоскости "Спереди").