полагаю, что более важным является описание регистра
attribute BOUNDARY_LENGTH of CYCLONE_V_5CEBA9F23 : entity is 1728;
attribute BOUNDARY_REGISTER of CYCLONE_V_5CEBA9F23 : entity is
....
в котором пропущены много полей,
а "хуман реадабле" информация типа linkage bit не имеет значения
я конечно могу предположить, что в Альтере работают идиоты, которые не внесли ключевые пины в цепочку, но скорее всего скрывают от пользователя, козлы

-----------------------------
upd: скорее всего, в цепочке большая часть битов это неиспользуемые ножки (not-bonded io), но то что исключили из цепочки конфигурационные ножки, большая часть из которых переводится в user io - не верю

спасибо за universal scan - программа интересная, но кроме баловства (всяких виртуальных светодиодов и т.п.) хотелось бы понять - как им pcb проверять - если две микросхемы соединены между собой ПЛИС и проц - выводы inout - как прозвонить? подскажите общий принцип, я что-то вообще не нашел док