QUOTE (Smoky @ Sep 10 2016, 10:02)

Оказалось что при объявлении двух байтной переменной в EEPROM инициализируется только младший байт, старший байт потом приходилось корректировать в ручную.
Где-то ошибка в вашей программе.
QUOTE (Smoky @ Sep 10 2016, 10:02)

Можно это исправить, или это особенность системы?
Да, можно - написать правильно. Показывайте исходник.