QUOTE (Smoky @ Sep 10 2016, 15:49)

Забыл указать что в реальной памяти EEPROM переменная инициализируется правильно, а в отладчике нет.
Это противоречит вашему вопросу:
QUOTE (Smoky @ Sep 10 2016, 10:02)

при объявлении двух байтной переменной в EEPROM инициализируется только младший байт
Тогда возможна ошибка в отладчике. Тут я пас.