Наверно я не очень понятно изложил свои мысли.
Добавлю картинку.
В месте соединения Металл А - медь возникает ЭДС U1.
В месте соединения Металл Б - медь возникает ЭДС U2.
Наверняка эти ЭДС различны и не компенсируют друг друга.
Теперь если медь заменить на припой ЭДС снова изменится.
Может быть результирующая U1-U2 тоже линейно зависит от температуры и все легко решается калибровкой при нуле?