Сначала отрабатывает загрузчик, потом инитится ядро и драйвера и только потом подключается rootfs, которую билдрут и строит. Если у вас нету рабочих первых двух пунктов, то до рутфс вы и не доберетесь. В моем случае у меня был старый линукс на старом билдруте и сейчас я обновляю и то и то (чисто с целью рабобраться как работает). И я начал с конца, как с более простого. Но у меня были и бутлоадер и ядро старые.
Если вы говорите, что у вас особенный мипс, то насколько он совместим с неособенным? Это просто мипс + своя перефирия? Тогда проще, потому как есть шанс, что можно запустить линукс постоенный для какого-то камня близкого к вашему и подрехтовать. Если же что-то далекое, то повиснет все сразу

Прерывания таймер и уарт действительно нужны, так как уарт - средство отладки. Но билдрут тут непричем.
Тяжко будет. У меня есть определнный опыт в эмбеддед, ноя сам дни трачу, чтоб простейшие вещи сделать и рабобраться. Это при том, что у меня есть живая система и я ее просто обносляю. Портирования линука как первая задача - непростой выбор