1.Устанавливаете запрос синхронного сброса
Код
T0TCR = 0x00000002;
но не дожидаетесь его окончания. Значит сброс у Вас реально может происходить после последующих записей конфигурации.
2.Не чистите регистр флагов запросов прерываний.
3.Неправильно рассчитываете период:
Код
//Регистр совпадения = 1000 (1 Гц)
T0MR0 = 100;
Как можно было сделать столько ошибок в такой простейшей периферии???
Читайте внимательнее юзермануал!
Да и в CTCR неплохо бы соотв. значение записать.
После этого смотрите появляется ли флаг активного запроса прерывания в IR?
И если появляется, а входа в ISR нет - читайте про контроллер прерываний и всё что с ним связано.
По контроллеру прерываний:
1.А где у Вас глобальное разрешение прерываний IRQ? (Вы ведь вроде этому прерыванию от таймера назначаете линию IRQ?)
2.А где обработчик прерывания IRQ?