Цитата
1. Включаем RTC от LSE
2. Прошиваем.
3. Не снимая питания убираем строчку в коде включения RTC от LSE.
4. Прошиваем.
Из вашего описания я ничего не понял.
У вас есть микроконтроллер с пустой флешкой. Каким-то образом вы включаете в нем RTC. Потом что-то в него заливаете.
Теперь немного меняете исходники. Снова что-то заливаете в контроллер.