Так он же вам все написал:
Цитата(LAS9891 @ Feb 15 2017, 12:58)

Warning: System.nios2_qsys_0: The address range of the slaves connected to the Nios II instruction masters exceeds 28 bits. Attempts to call functions across 28-bit boundaries is not supported by GCC and will result in linker errors.
Т.е., поддержка NIOS2 процессора в GCC имеет ограничение - код не должен пересекать границу в 28 бит адреса.
Вам нужно переопределить карту памяти системы таким образом, чтобы такого пересечения не было. Можно сделать это вручную как вам хочется, изменяя базовые адреса модулей на шине, а можно попросить QSys сделать это автоматом (кажется, на вкладке Address Map должна быть кнопка или что-то вроде того).