Все фильтрует. Думаю Вы что то напутали с сигналами. Например 2PI забыли

Пример:
КИХ ФНЧ фильтр с окном, частотой дискр 8000, пропускания - 2000, задержки - 3000.
Делаем File->Export-> Object.
Создаем тестовые сигналы
x=1:1/8000:10;
y=sin(2*pi*x*2000);
yr=Hd.filter(y);
Амплитуда - 0.707
y=sin(2*pi*x*3000);
yr=Hd.filter(y);
Амплитуда - да ее там нет почти
Значит фильтрует!