Вы объявили два разных типа двумерных массивов восьмибитных векторов и пытаетесь сравнить их между собой. VHDL этого напрямую не позволяет. Сравнивайте поэлементно, т.к. типы элементов объявленных саммивов совпадают - std_logic_vector(7 downto 0).
Или, как написали выше, объявите один тип, например,
CODE
type byte_array is array(natural range <>) of std_logic_vector(7 downto 0);
type t_commands_list is array (natural range <>) of byte_array(0 to 31);
signal commands_list : t_commands_list(0 to COM_COUNT) :=
(
0 => (0 => x"00", 1 => x"01", 2 => x"10", 3 => x"11", 4 => x"20", 5 => x"21"), --stop
1 => (0 => x"00", 1 => x"01", 2 => x"10", 3 => x"11", 4 => x"20", 5 => x"21"), --fwd
2 => (0 => x"00", 1 => x"01", 2 => x"10", 3 => x"11", 4 => x"20", 5 => x"21") --rev
);
signal rx_command:byte_array(0 to 31);