Тоже намучился с этим "явлением".
Проблема решилась так - пользуюсь я в Win7 приложением WizMouse (перехватчик прокрутки мыши) - очень удобная штука когда работаешь с многими документами / приложениями.
Так вот в настройках WizMouse отключил опцию "Enable mouse wheel for application without ..." и, о чудо, стало прокручивать в IAR'е нормально (вертикально).

До этого на ноутбук закачал правильные драйверы и вспомогательные приложения от производителя для тачпада, так вот прокрутка тачпадом на фирменном софте в IAR'е осталась так же горизонтальная...
Надо разбираться со всеми своими мышь-программами (драйверы, утилиты).