Цитата(Dmitro25 @ Nov 10 2017, 09:58)

... подключил ножки CBUS0, CBUS1 FTDI к оптопарам TLP621-2, дальше всё стандартное...
По умолчанию, выводы CBUS0 и CBUS1 предназначены для индикации приема и передачи. Зря вы их переназначили. Не стоило этого делать. Вообще, по моему, не стоило перепрограммировать FTDI. Для ваших целей вполне можно использовать выводы DTR# и RTS#, управляемые через виртуальный порт. Там таких проблем быть не должно.
Эффект, который вы наблюдаете, можно объяснить как индикацию подключения устройства, когда оно начинает работу, через индикаторы приема/передачи.
Возможно, свои переназначенные функции выводы CBUS0 и CBUS1 принимают не сразу после старта...