В связке симплифай/вивада развлекался с точками компиляции. Разбиваешь проект на куски по необходимой плотности и задаёшь разные стратегии для маппера(фиттера). Проект и без этого водился, но с точками компиляции была просто песня! Посмотрите, может и в квартусе такое можно провернуть(я, слава богу, с альтерой к этому даже близко не подобрался

)
Правда, тут надо потратить время, чтоб аккуратно всё сделать. А в реализованном уже проекте это кажется вдвойне проблематичным.