Цитата(ViKo @ Jan 6 2018, 19:57)

Задаю один вывод. Другой парный подключается сам.
(* chip_pin = "89", altera_attribute = "-name io_standard lvds" *) input ClkIn,
Но пишет предупреждение.
Warning (176118): Pin "ClkIn" is a differential I/O pin but does not have its complement pin. Hence, fitter automatically created the complement pin "ClkIn(n)"
Как в атрибутах задать оба вывода?
Достаточно указать только положительный вывод. Квартус Вас предупредил что комплементарный вывод он назначил автоматически. Это нормально.