Если вдруг кому интересно.
Накинул я вольтметр на всякие статусные пины и сразу выяснил, что прогрузка платы зацикливается тут.

Прошил я карту, где на все пользовательские ножки подаю 0, и во время старта у меня загораются и гаснут все диоды на карте. То есть, скорее всего чип начинает конфигурироваться и слетает в процессе в Error.
Скорее всего поэтому и JTAG не могу стартануть в соседней теме.
Поковырял форумы, скорее всего причина - закоротка между питание и землей. Показывается всего 5Ом, что очень мало.
Проверю еще контакты между флешкой и чипом.